內置式水箱自潔消毒器有內置式和外水箱自潔消毒器采用微電解物理消毒法對水體進行消毒。能量控制器采用循環脈沖放電控制循環釋能器向水中釋放能量，原理在于經過水箱消毒器處理后，水中細菌和藻類的生態環境發生變化，生存條件喪失而死亡。

  內置式水箱自潔消毒器細菌膜有許多通道。通過這些過道，細菌得以成長。這些通道是由單個分子復合體組成，能夠讓離子通過。離子通道的調節影響細菌的生命。含菌液體流過強電場，致使瞬間變化電流通過液體，在導電通路上的細胞被高速運動的電子沖擊致死，達到滅菌的目的。
  內置式水箱自潔消毒器通過擴散和循環對水箱、水池中的所有水及水箱、水池內壁進行處理，破壞水中及水箱、水池內壁的細菌、藻類微生物細胞，達到消毒、滅藻、仰菌的效果。